Arcas se encuentra a ocho kilómetros de Cuenca a una altitud de 959 metros sobre el nivel del mar. La cota máxima del municipio es de 1.273 y corresponde al monte Talayuelo. Cuenta también con un puerto de montaña, La Tórdiga (1.200 m).
El término es atravesado de este a oeste por el río San Martín y alberga varias de las lagunas del llamado Complejo Lagunar de Arcas, declarado Reserva Natural mediante Decreto 27/2002, de 12 de febrero.
La vegetación acuática de estas pequeñas lagunas, muchas de ellas temporales, representa un enclave único de praderas subacuáticas de carófitas, con algunas especies incluidas en la Directiva Hábitat como “hábitat natural de interés comunitario”.
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